U svakom ciklusu ispitivanja obavljena su mjerenja osnovnih fizičko-hemijskih parametara koji se mjere in-situ. Raspored temperature, pH, elektroprovodljivosti, rastvorenog kiseonika i procenta zasićenja vode kiseonikom po dubini vodotoka određivani su na tri vertikale - na sredini i dvije bočne strane - na svakih pola metra do maksimalne dubine. Ova mjerenja obavljena su odgovarajućim sondama firme WTW i utvrđeno je da ne postoji horizontalna distribucija navedenih parametara te su uzorci za sve analize zahvatani na središnjem dijelu profila.
 
Na tri međudržavna profila rijeke Une i jednom profilu rijeke Save (Gradiška), nije bilo moguće mjeriti proticaje, ali je zabilježen nivo vode u momentu uzimanja uzorka.

Trenutni uzorci za analizu hemijskih i bakterioloških parametara zahvatani su iz matice, sa 0.5 m dubine. Uzorci su konzervisani prema propisima za pojedine parametre, transportovani do laboratorije i čuvani na temperaturi od +40C. Vrijeme od momenta uzimanja do početka obrade uzorka nije bilo duže od 24h.

Hemijskim analizama bili su obuhvaćeni slijedeći parametri: ukupne čvrste materije (103-1050C), njihov žareni ostatak (5500C), volatilne materije, suspendovane materije (glass fiber GF/C papir), alkaliteti, ukupna tvrdoća (CaCO3), kalcijum, magnezijum, svi oblici azotnih materija (amonijačni, nitritni, nitratni, kao i ukupni azot po Kjeldalu), orto i ukupni fosfati, hemijska i biohemijska potrošnja kiseonika, gvožđe, mangan, bakar, hrom, nikl i živa. Za analizu svih parametara korištene su metode opisane u Standardnim Meodama (Standard Methods for the Examination of Water and Wastewater, APHA, 1995), a u skladu sa Uredbom o klasifikaciji voda i kategorizaciji vodotoka (Službeni glasnik Republike Srpske br. 42/02, Aneks 1 o analitičkim metodama ispitivanja parametara).

Bakterije kao kosmopolitski i ubikvitarni organizmi polienzimatske prirode i velikog potencijala biohemijske aktivnosti, zauzimaju centralni položaj u procesima kruženja materije i protoka energije u prirodi. Procesi kojie se odigravaju u prirodnim vodenim ekosistemima (proces autopurifikacije) kao i biološki procesi prečišćavanja voda pod kontrolom čovjeka u suštini se zasnivaju na metaboličkoj aktivnosti mikroorganizama. Tekuće vode (riječne i kanalizacione) se karakterišu hranidbenim i ekološkim uslovima koji se stalno mijenjaju. Ove vode se obogaćuju slivnim vodama određenog područja u kojima se nalaze zemljišni organizmi, neprekidno se kreću i miješaju, tako da je vrlo teško govoriti o pravilnoj horizontalnoj i vertikalnoj distribuciji mikroorganizama u njima. Uticaj obala i dna ovih vrsta vodenih tokova na kvalitativni i kvantitativni sastav njihove mikrobne zajednice izraženiji je nego kod stajaćih voda. Mikrobiološka istraživanja, kao dio monitoringa površinskih vodototka u Republici Srpskoj, vršena su u periodu od juna do kraja oktobra 2005.godine, istovremeno sa uzorkovanjem za fizičko – hemijsku analizu. Uzorci su uzimani sa iste dubine. Transportovani su u portabl frižiderima do laboratorije i do analize čuvani na temperaturi do +40C. Vrijeme od momenta uzimanja uzorka do zasijavanja nije bilo duže od 24h. Bakteriološke analize voda se mogu vršiti sa sanitarnog i ekološkog aspekta. Naša istaživanja obuhvatila su sljedeće parametre: Ukupan broj aerobnih hetrotrofa (H), saprofita - predstavlja mikrobiološki (bakteriološki) indikator stanja i kvaliteta voda koji se primjenjuje sa šireg ekološkog aspekta, a na osnovu kojeg se vrši klasifikacija voda. Visoka brojnost aerobnih heterotrofa ukazuje na vodu bogatu organskim materijama koje su podložne bakterijskoj razgradnji. Određuju se na standardnoj podlozi hranljivog agara (meso-peptonski agar, MPA). Inkubacija zasejanih podloga je 5-7 dana na 22-26oC. Broje se sve izrasle kolonije i brojnost izražava na 1 cm3 vode. Što se parametara koji ukazuju na kvalitet vode sa sanitarnog aspekta tiče, korisno je raspolagati ovim podacima jer nam oni ukazuju da li su neki recipijentni vodotoci u kontaktu sa fekalnim materijama i u kojoj mjeri, kao i da li se radi o prolaznom ili permanentnom izvoru zagađenja. U te svrhe koristili smo osnovni test koji je obuhvatao: - ukupan broj aerobnih mezofila (potencijalni patogeni) koji se određuju na standardnoj podlozi hranljivog agara (MPA), inkubacija zasejanih podloga je 48h na temperaturi od 37oC. - ukupan broj koliformnih bakterija određen kao najvjerovatniji broj (MPN)/100ml na 370C na Toriakovom Mac Conkej bujonu. - ukupan broj koliformnih bakterija fekalnog porijekla određen kao MPN/100 ml na 440C na Torloakovom Mac Conkey bujonu.

Potvrdni test prisustva E.coli, indikatora fekalne kontaminacije i mogućeg prisustva enteričkih patogena je vršen na standardnoj Torlakovoj podlozi, endo – agar, uz inkubaciju na temperaturi od 37oC/24h. Za određivanje svih parametara korišćene su metode propisane Standard Methods-om. Klasifikacija voda na osnovu broja aerobnih organotrofa (saprofita) vršena je prema kategorizaciji po Kohl-u i Uredbom o klasifikaciji voda i kategorizaciji vodotoka.

Ocjena kvaliteta voda obavljena je prema zakonskim propisima: Uredba o klasifikaciji voda i kategorizaciji vodotoka (Službeni glasnik Republike Srpske, broj 42, od 31.08.2001. godine, strana 857-865).

• procjene ekološkog i hemijskog statusa površinskih voda u skladu sa Zakonom o vodama (Službeni glasnik RS broj 50/06) i Uredbom o klasifikaciji voda i kategorizaciji vodotoka (Službeni glasnik RS broj 42/01);
• ispunjavanja međunarodnih obaveza Bosne i Hercegovine i Republike Srpske; 
• dostavljanja podataka u Međunarodnu monitoring mrežu (TNMN) u okviru Međunarodne komisije za zaštitu rijeke Dunav (ICPDR-a) za mjerne profile uključene u ovu bazu podataka;
• prikupljanja podataka neophodnih za definisanje referentnih uslova u skladu sa utvrđenom tipologijom;
• praćenja stanja kvaliteta voda s ciljem zaštite i dostizanja dobrog ekološkog statusa, koji podržava ekološku funkciju datih tipova akvatičnih sistema, kao i korištenje voda za postojeće i planirane upotrebe.
    
   

 Tabela 1 Lista monitoring mjesta